公司拖欠工资三个月以上的赔偿是以应付金额50%以上100%以下的标准进行赔偿，公司拖欠工资申请劳动仲裁的流程是申请人准备好仲裁申请书并提交，仲裁委员会决定是否受理，受理的按照规定作出裁决。

　　一、公司拖欠工资三个月以上怎么赔偿

　　公司拖欠工资三个月以上的赔偿是以应付金额50%以上100%以下的标准向劳动者加付赔偿金。

　　《劳动合同法》第八十五条规定，用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：

　　（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；

　　（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；

　　（三）安排加班不支付加班费的；

　　（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。

　　二、公司拖欠工资如何申请劳动仲裁

　　公司拖欠工资申请劳动仲裁的流程：申请人应当提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本；劳动争议仲裁委员会收到仲裁申请之日起五日内决定是否受理；受理后开庭和裁决。

　　三、公司拖欠工资多久算违法

　　公司只要拖欠工资就是违法的，不论时间长短。法律快车提醒您，用人单位应当在自然月结束的30天内结算工资，超过30天即构成拖欠工资。拖欠工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。

　　《中华人民共和国劳动法》规定，“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资”，“按月支付”即包括工资应当以月薪的形式发放，也包括应当每月支付，因此用人单位应当在自然月结束的30天内结算工资，超过30天即构成拖欠工资。