启动医疗事故技术鉴定程序有两种方式：
一、卫生行政部门移交鉴定这种启动方式适用于两种情况：医疗机构发生重大医疗过失行为和医患双方一方当事人要求卫生行政部门处理医疗事故争议。
（一） 医疗机构发生重大医疗过失行为后的移交鉴定（1）移交鉴定的前提不能仅仅理解成专指发生了“重大医疗过失行为”，即医疗机构及其医务人员实施了严重违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规的行为。同时还应当伴随有《医疗事故处理条例》第14条第2款规定的其中任何一项人身损害事实，二者缺一不可。（2）移交鉴定的时间应当是“接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告”之后，医患双方均未要求卫生行政部门处理或者没有共同委托医学会组织医疗事故的技术鉴定以前。（3）只有在卫生行政部门认为“需要进行医疗事故技术鉴定”时，再行移交，如果认为不需要鉴定，则不移交。这种启动方式，可以有效地解决两个问题：1）防止或者减少出现规避医疗事故技术鉴定、掩盖医疗事故发生、逃避承担法律责任的情形；2）促使医患双方尽早启动鉴定程序，缩短处理医疗事故争议的时间。
（二）要求卫生行政部门处理的移交鉴定根据《医疗事故处理条例》规定，卫生行政部门不再承担医疗事故技术鉴定机构的日常事务性工作。而负责组织医疗事故技术鉴定工作的医学会属于学术性社会团体，不具有行政管理职能。如果医疗事故争议的一方当事人和医学会申请医疗事故技术鉴定，另一方当事人拒绝提供与鉴定有关的病案资料、实物等，或者以其他方式不配合鉴定，该医学会势必陷入无可奈何的境地，致使鉴定工作无法进行。为此，确定了由卫生行政部门移送鉴定的方式来启动鉴定程序。当医患双方发生医疗事故争议后，任何一方均可以要求卫生行政部门处理。卫生行政部门进行审查，予以受理并认为需要进行医疗事故技术鉴定的，在规定时间内，将有关材料移交负责医疗事故技术鉴定工作的医学会。
二、医患双方共同委托鉴定这种启动方式是指医患双方当事人虽然对发生的医疗损害事实及其形成原因、损害程序、医疗过失行为在损害后果中的责任程序等未能达成共识，但是双方同意在医疗事故技术鉴定的基础上协商解决上述争议的情况。这种启动方式必须同时具备三个条件：（1）由医患双方共同提出医疗事故的技术鉴定申请；（2）医患双方按照鉴定机构的要求提供鉴定所需要的病案资料、实物等；（3）接受鉴定机构的调查，如实提供相关情况。