在刑事证明标准讨论中，作为对传统“客观真实理论”的批判工具，程序正义理论受到了越来越多的青睐。程序正义理论以过程的正当性为着眼点，强调了诉讼过程（包括证明过程）对事实认定的决定性作用。因此，程序正义理论对证明标准的研究至少具有下述积极价值：第一，由于法官对有关案件事实的知识只能来自诉讼过程，因此，证明手段／方式的科学性、合理性在很大程度上直接决定了事实认定的准确程度。第二，诉讼过程的不正义能够在一定程度上削弱事实认定的公正性，甚至影响到所认定事实的可信性；而符合正义要求的诉讼过程则能够强化事实认定的可信赖程度。第三，就我国司法实践而言，程序正义理论能够有力地批驳因过分强调查明事实真相而导致的“为了查明案件事实，不惜借助任何手段”的种种恶习。

　　但是，在承认上述价值的基础上，我们也必须承认，程序正义理论无法触及刑事证明标准的实质。在这里，我们必须区分两个不同层面的问题（恰如我们不能混同尺子与运用尺子裁出的布匹一样）：第一，作为评价尺度的证明标准；第二，作为证明标准之评价结果的案件事实。显然，在刑事诉讼中，程序正义所能涉及的仅仅是法官运用证明标准所认定的案件事实，或者说，证明标准在具体案件中的实然化问题；至于作为评价尺度的证明标准究竟应当采取一种什么样的立场，却与程序是否正义没有直接的关系，尽管在立法对证明标准进行选择时，不得不考虑证明标准在具体案件中的兑现能力以及何种方式能够更正当（legitimate）地保障这种兑现能力。

　　在证明体系中，证明标准的目的在于解决认识尺度的问题，即法官在对案件事实形成何种程度的认识时方得认定该事实具有法律上的意义。证明标准本身既不涉及法官依据何种手段形成此种认识，亦不涉及法官形成此种认识的方式和方法。的确，在证明体系中，我们必须解决法官据以形成认识的手段／方式等问题，而且，也必须承认，作为决定认识形成的基础和过程，认识的手段／方式直接影响着（甚至决定着）具体案件的最终认识结果，但是，这些问题却不属于证明标准的调整范围。在证明标准讨论中，我们应当关注的问题只有一个，即法官对案件事实的认识必须达到何种程度才能够认定该事实在法律上成立。具体到刑事诉讼证明，证明标准在于明确：在何种认识程度下，法官方得确认指控罪行在法律上成立。

　　在刑事诉讼中，证明标准的核心问题是解决法官在何种认识程度下方得确认犯罪事实成立并据此定罪科刑。因此，刑事证明标准绝不仅仅是法庭强制解决纠纷的依据，更重要的是，刑事标准将为国家刑罚权的具体适用提供事实上的根据。为此，刑事证明标准的确立必须体现实体正义的要求，其内在尺度只能存在于国家刑罚权的正当根据之中。在社会生活层面，定罪科刑是一种以剥夺特定个体权利为典型特征的法律活动，因此，随着国家禁止私力救济而垄断对犯罪人处以刑罚的权力，在公民之中便产生了一种普遍的期待：国家必须公正地行使该项直接关系个人自由的权力。在一个传统型社会，个人对传统权威的顶礼膜拜或许会冲淡这种要求公正对待的期望，但是，在现代社会，随着国家权力有限理论的普遍接受，国家已经不再拥有至上的、足以论证其（包括惩罚在内的任何）行为合法的终极性权威；国家的存在是为了保障个体公民享有一种更有序、更充分的幸福生活。因此，在现代社会，对公正行使刑罚权的普遍期待开始逐渐冲破神意、王权等“遮蔽物”而凸现到了前台，并由此决定，在对特定的公民定罪科刑时，我们不得不面对一个十分棘手的问题：固然犯罪人应当受到惩罚，但是，处于被告人地位的公民是否确实是犯罪行为的责任人？换句话说，随着国家失去神圣的光环，随着个人牺牲将有助于恢复被破坏的社会秩序等种种说教不再具有正当的说服力，除非根据一个公民确实实施了犯罪，我们已经无法根据其它理由惩罚特定的公民。该问题尽管棘手，却直接关系着如何看待作为个体之个人的存在价值。[page]

　　因此，刑事证明标准必须植根于实体正义。在此问题上，刑事诉讼与民事诉讼存在着较大的差异：在民事诉讼中，基于当事人的处分权，当事人在诉讼过程中的具体诉讼行为（如自认、不争辩等）足以成为其承担民事责任的理由；在刑事诉讼中，我国秉承大陆法系的传统，“只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚”（刑事诉讼法第46条），被告人只能因追诉活动之前实施的行为承担刑事责任。其实，即便是承认被告人处分权的美国，法律亦要求“虽然接受有罪答辩，法庭不能未作调查查明答辩存在事实基础便单纯依据答辩作出判决”（《美国联邦刑事诉讼规则》第11条（f））。因此，在刑事诉讼案件中，尽管正义的程序能够进一步强化有罪判决的正当性，但是，惩罚的根据却与程序是否正义没有直接关系。

　　更重要的是，基于人类认识能力和司法推理过程的本性，刑事诉讼程序只能是正义（罗尔斯：《正义论》）。在此意义上，既然正义的程序设计亦无法避免实体错误的产生，我们就更有必要坚持刑事证明标准的实体属性，从而保留发现、纠正错误的可能。

　　需要进一步明确的是，刑事证明标准的基点只能是一种消极的实体正义，即其目的不是为了惩罚所有实施犯罪的个人，而在于保障受到惩罚的每个公民都确实是应受惩罚的。刑事标准的诉讼功能不是为了促进在更多的案件中实现惩罚，而在于将国家刑罚权抑制在国家有充分根据适用惩罚权的案件之中。正是基于此种原因，在刑事证明标准的选择上，我们却必须立足于对无辜者权益的保障。为此，至少在被告人实施了犯罪行为这一核心问题上，我们必须坚持一种较高的证明标准：现存社会历史阶段下能够实现的最大的确定性，以保证对每一公民的定罪都是基于该公民实施了法律所禁止的行为并应当予以惩罚。在我国现行制度下，由于定罪后可能处以较为严酷的刑罚，坚持这样一种较高的证明标准便显得尤为重要。因为，一旦出错，我们将无法有效地恢复已经剥夺的生命和自由。