由于经营组织的总机构往往位于经济发达地区，非法人分支机构分布各地，法人所得税制度的实施将造成欠发达地区税收权益的流失，如果没有完善的税收利益平衡机制，将人为扩大发达地区与欠发达地区的财政收入级差，不利于区域和谐发展。
从我国现行企业所得税纳税制度来看，对外商投资企业和外国企业已经执行法人所得税制度，不具有法人资格的分支机构由其总机构统一汇总纳税，其汇总纳税的所得税收入由总机构所在地税务机关统一征收，60%入中央金库，40%入总机构所在地的地方金库。对内资企业来说，有关总机构和分支机构汇总纳税的规定，以分支机构是否独立核算作为汇总纳税标准要件，在分支机构为非独立核算单位的情况下，一是由企业总机构汇总纳税，所得税收入由总机构所在地政府独享；二是在总机构和分支机构均被认定为独立核算的企业，分别独立缴纳企业所得税；三是在总机构所在地汇总纳税，分支机构所在地按因素法公式确定的比例分享税收利益；四是分支机构当地预缴，总机构汇算清缴，由总机构和分支机构所在地按一定比例共享税收利益，一般预缴比例为60%。可以看出，我国在汇总纳税方面的利益平衡机制从来就不完善。对外商投资企业和外国企业的汇总纳税规定，完全没有考虑非法人所在地地方税收利益，而对内资企业所得税的汇总纳税规定，在形式上牵制了对落后地区税收利益的侵蚀，但仍然是一个不甚合理的制度，实际上税收利益的地区分布已经远远和税源的地区分布不相称。实行法人所得税，如果没有适当的利益照顾机制，原先非法人独立核算单位的税收利益将不可避免地流入总机构所在地，进一步扩大地区间财政收入的差距。
笔者认为，在平衡地方税收利益的实现上，税收征管体制相对于财政转移支付制度更有优势，理由如下：一是我国财政转移支付制度目前很不成熟，仅限于中央一级的小规模的政策性转移支付，对地方之间的相互利益调节没有制度保证，而且如果强要中央政府作为权威主体进行调节的话，从经济性和技术性角度来说均不可行；二是即使建立了地区间调节制度，地方政府对于既得利益，有多大的动力进行分配也是一个未知数；三是由于没有直接利益的牵连，会弱化分支机构所在地税务机关对其所得税征管情况的监管力度。所以，对实行法人所得税制度而造成的税收利益不公平还是通过税收征管体制的完善来弥补。
从外国的情况来看，基本上都遵循一个原则，即税收归属与税收来源相一致原则，具体方式体现为两类：一是在全国范围内彻底地将全国所得税立法权收归中央政府，并将其全部收入也归属为中央政府；二是部分国家允许州或省一级政府拥有所得税立法权，但对跨地区经营公司所应缴纳的州或省所得税对应的应税所得在不同地区之间采用因素法所定公式进行划分，使不同地区都享有相应的税收归属权。确立税收归属与税收来源一致性原则，要考虑两个方面的因素，一是方案的经济可行性，二是方案的有效性。
基于以上论述，笔者认为，选择先按照比例预缴再实行汇算清缴的制度比较合适，先确定各分支机构的预缴比例，由各分支机构向其所在地税务机关申报预缴企业所得税，年度终了后再由总机构进行汇算清缴，并对分支机构已经预缴的企业所得税予以抵免。但这一方案按一定比例预缴意味着分支机构实现的所得税只是部分由其所在地征收，而其他一部分则并入了总机构汇算清缴的范围，预缴比例如何确定才更合理，也是一个非常关键的问题。