我和对方公司是合作关系，现在想终止合作要求对方退回合作本金，对方说公司没钱我可以申请扣留对方公司下属店面么？

向法院起诉要求公司返还相关证书。遇到此种情况，此时一定要先保持冷静，不能意气用事，因为靠争吵或者打架不但解决不了问题，更会让自己陷入不利的局面。首先要了解公司为什么会扣留证书，存在两种情况：
如果是公司出资考取的，需要看当时与公司签订的协议条款，比如：公司出资考取的在多久的多少时间内时不能取回等；如果是个人自费考取的，离职之后公司无权扣留。
如果你的建造师证书还没有注册到单位，可以到发证处申报丢失重办，那么以往的证便可作废。法律依据：《注册建造师管理办法》第十七条注册建造师有下列情形之一的，由注册机关办理注销手续，收回注册证书和执业印章或者公告注册证书和执业印章作废：
(1)有本规定第十六条所列情形发生的；
(2)依法被撤销注册的
(3)依法被吊销注册证书的；
(4)受到刑事处罚的；
(5)法律、法规规定应当注销注册的其他情形。
《中华人民共和国劳动合同法》
第三十七条劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
第三十八条用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
（二）未及时足额支付劳动报酬的；
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。

需要承担违约责任

根据具体情况而定