人民法院在审理医疗损害赔偿案件时，还存在一些难题。一是证据认定难。医疗损害赔偿案件的重要证据是记载整个医疗过程的病历。一份病历少则几十页，多则上千页，多为医生手写，且大量使用医学专业术语，不具备医学知识背景的法官很难读懂，已无法做出准确判断。实践中法官一般依赖于第三方的鉴定结论。二是审限内结案难。医疗纠纷案件的当事人一般对病历的真实性和完整性争议较大，因此需要询问证人、进行笔迹鉴定和书写时间鉴定。部分案件中，还需要调取输血记录、进行全血检验等。同时，在患者认为医疗事故技术鉴定结果不理想的情况下，患者一方还会提请司法鉴定。法官难以从双方的证据材料直接判断医院医疗行为有无过错，而是要依赖相关鉴定，包括医疗事故技术鉴定和医疗过错司法鉴定，使得案件较其他的侵权损害赔偿案件至少多了鉴定环节。上述调查占用了大量时间，一般医疗纠纷案件的审限多在一年左右。三是矛盾化解难。医疗纠纷所涉及的医疗事故的后果一般比较严重，双方当事人给予切身利益很难做出让步，调解工作效果不明显。四是法律适用难。由于法律法规的规定不统一，医患双方在诉讼中往往选择对自己有利的法规各执一词，不同的法官也会因认识问题的的角度和水平不同而就相同或相似的问题作出不同的判断。五是鉴定采信难。医疗事故技术鉴定主体有权利、没义务，因此医学会鉴定专家一般不能按照证据规则的要求出庭接受质询。另外，医疗纠纷中因果关系鉴定，是医学专家或者法医根据双方提供的证据，结合自身的知识作出的判断。这个判断没有统一的标准，导致很多案件不同的鉴定机构会做出不同的鉴定结论，有时结论可能完全相反，也会给案件审理带来困难。

        2002年至2008年，全国法院一审受理医疗损害赔偿案件分别是10249、9079、8854、9601、10248、11009、13875件，结案分别是8741、9046、8738、9029、10129、10477、12858件，大致可以看出，一是从2002年以来医疗纠纷量总体平稳，近几年略有上升。而是恶性事件时有发生。冲击医院、干扰医疗秩序的恶性事件见诸报端，各种形式的“医闹”现象时有发生。三是社会关注度高，社会影响面大。医患关系中出现的一些问题，成为全社会十分关心的问题，很容易成为热点、焦点问题。

《中华人民共和国侵权责任法》已由中华人民共和国第十一届全国人民代表大会常务委员会第十二次会议于2009年12月26日通过，自2010年7月1日起施行。该法对医疗损害责任做专章规定，一定程度上解决了当前存在的问题。